Damit es mit der Lagerung klappt, kommt es ganz entscheidend auf das richtige Zusammenspiel folgender Faktoren an: Temperatur, Luftfeuchtigkeit sowie die Zusammensetzung und Bewegung der Luft. Ideal zum Lagern sind Temperaturen zwischen 2 bis 4 Grad Celsius bei einer relativen Luftfeuchtigkeit zwischen 85 bis 90 Prozent. Wurzelgemüse verträgt aber sogar Temperaturen unter dem Gefrierpunkt. Allerdings sollten die Früchte nicht im gefrorenen Zustand, sondern nur an einem frostfreien Tag aus dem Lager entnommen werden. Was die Luftzusammensetzung betrifft, sie sollte frei sein von Pilzsporen und Duftstoffen. Weil von Obst das Reifegas Ethylen freigesetzt wird, sollte man Obst nicht zusammen mit Gemüse lagern. Durch eine zu hohe Luftbewegung trocknet das Wurzelgemüse aus. Eine zu geringe Luftzufuhr kann Fäulnisbildung zur Folge haben.
Im Garten, auf der Terrasse, auf dem Balkon oder in einem kühlen Keller kann das Wurzelgemüse in flachen Kisten gelagert werden. Um es dabei vor Austrocknung zu schützen, deckt man es mit Folie ab. Damit weder Vögel noch Mäuse an den Früchten knabbern können, sollten die Lagerfrüchte mit einem engmaschigen Drahtgitter geschützt werden. Eine weitere bewährte Lagermethode ist das Einschlagen in feuchten Sand. Dazu eine Kiste mit feuchtem, nicht nassem, Sand füllen und das Wurzelgemüse darin einschlagen. Die mit Stroh oder Laub bedeckte Kiste kann an einem kühlen Ort, wie zum Beispiel dem Keller bzw. auf dem Balkon aufgestellt oder im Garten in den Boden eingesenkt werden. Aber auch hierbei sollte ein enger Maschendraht zum Schutz vor Maus- und Vogelfraß eingesetzt werden. Traditionell lässt sich Wurzelgemüse in einer Erdmiete lagern. Dazu wird in die Erde ein Loch gegraben, welches mit einer Sanddrainage vor Nässe und mit einem feinmaschigen Gitter vor Mäusen geschützt wird. Abgedeckt wird die Grube durch Laub, Stroh oder einen Erdmantel und für den Luftaustausch sollte in den Deckel ein Schlauch oder gebogenes Rohr gesteckt werden. Ein Frühbeet kann zum Beispiel auch als Erdmiete verwendet werden, wenn es rundherum mit Isoliermaterialien gedämmt wird.
